Die Verbandsversammlung des Regionalverbandes Heilbronn-Franken ist das Hauptorgan des Regionalverbandes. Die 72 Mitglieder der Verbandsversammlung werden vom Gemeinderat der Stadt Heilbronn und den Kreistagen der Landkreise Heilbronn, Hohenlohe, Schwäbisch Hall und Main-Tauber gewählt. Wichtige beschließende und beratende Ausschüsse sind der Planungsausschuss mit 27 Mitgliedern und der Verwaltungsausschuss mit 13 Mitgliedern.

Verbandsvorsitzender ist Oberbürgermeister Helmut Himmelsbach. Seit vielen Jahren vertritt Dr. Ekkehard Hein als hauptamtlicher Verbandsdirektor den Verband von Verwaltungsseite. Die schlanke Verbandsverwaltung umfaßt 12 Mitarbeiter.